Kanuni Sultan Süleyman’ın saltanat yıllarında, sadrazam Rüstem Paşa tarafından bir vakıf eser olarak 1552 senesinde yaptırtılmıştır. Eski kent dokusunun içerisinde, ulu cami ve hamamla bir arada bulunan kervansaray, Mimar Sinan’a ait bir eser olması münasebetiyle önem arz etmektedir. Yapı; ön tarafı kısmen kapatılmış revaklı bir alan arkasında yer alan yan yana dizilmiş beş büyük tonozlu birimden müteşekkildir. Kapalı kısım dört haçvari ayak üzerine oturmakta ve kervansarayı yatay doğrultuda beş sahına ayırmaktadır. Rüstem Paşa Kervansarayı, Osmanlı dönemindeki menzil külliyeleri dışında, kent dokusu içerisinde müstakil bir kervansaray olarak inşa edilmiş nadide örneklerden birini teşkil etmektedir.