14.yy. Karamanoğulları Döneminde yapılan Medrese açık avlulu olup kesme taş ve tuğla ile inşa edilmiştir. Dört eyvanlı sekiz odalı plan şemasına sahiptir. Odalardan ikisi kubbe diğerleri beşik tonoz ile örtülüdür. Ana kapı doğu eyvanındadır. Kapının iki yanında mihrapçıklar yer almaktadır. Üzeri üçgen biçimli ve stalaktitlerle süslüdür. Açık avlunun etrafı revaklıdır. Revaklar on örme ayak üzerinde birbirine bağlanan sekiz kemerden meydana gelmiştir. Üzeri ise tuğla ile örülmüş beşik tonoz ile örtülmüştür. Ana kapının karşısında yer alan batı eyvanı diğer eyvanlardan daha büyük ve zeminden daha yüksektedir. Medresenin dış duvarlarının üzerinde yer alan dendanelerden dolayı yapı bir kale görünümündedir.

Batı eyvanın üzeri sivri beşik tonoz ile örtülmüştür. Eyvanda büyük bir kapı mevcuttur. Güneyinde yer alan oda ise kare planlı ve kubbe ile örtülüdür.

Zinciriye Medresesi tarihte iz bırakan önemli eğitim kurumlarından bir tanesidir. Bu medresede yetişen birçok ilim irfan erbabı şahsiyetler Anadolu’ya ışık saçmış ve Türk İslam tarihine yön veren gelişmelere vesile olmuşlardır. Bunlardan en önemlisi Muhammed Fahr-üd-din Razi’nin soyundan geldiği muhtemel olan hadis, tefsir, fıkıh, edebiyat ve tıp dallarında birçok eseri bulunan Cemaleddin Aksaray-i bu medresenin ilk müderrislerindendir.

Medrese Osmanlı İmparatorluğunun son zamanlarında hapishane olarak kullanılmış ve bu nedenle bazı yerlerinde yıkılmalar görülmüştür.

Konya Vakıflar Bölge Müdürlüğünce projesi çizdirilmiştir. Onarım ve restorasyonu tamamlanmıştır. Aksaray Belediye Başkanlığına kiralanmıştır.